市交通運輸局負責貫徹落實中央關(guān)于交通運輸工作的方針政策和省委、南通市委、啟東市委的決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對交通運輸工作的集中統(tǒng)一領(lǐng)導。主要職責是：
（一）貫徹執(zhí)行黨和國家、省、南通市有關(guān)交通運輸?shù)姆结樥?、法律法?guī)，擬訂全市交通運輸行業(yè)有關(guān)政策并監(jiān)督實施；負責全市交通運輸行業(yè)體制改革工作。
（二）組織編制全市綜合交通運輸體系規(guī)劃，組織擬訂全市公路、航道、港口、民用航空、城市公共交通和交通物流業(yè)等交通運輸行業(yè)的發(fā)展規(guī)劃和年度計劃，參與全市鐵路規(guī)劃；組織編制城市客運發(fā)展規(guī)劃和參與客運有關(guān)設(shè)施規(guī)劃，組織編制交通運輸樞紐規(guī)劃；負責交通運輸行業(yè)統(tǒng)計和信息發(fā)布工作。
（三）負責全市交通運輸行業(yè)基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)、質(zhì)量監(jiān)督與維護工作；負責全市港口岸線、陸域、水域交通運輸?shù)慕y(tǒng)一管理工作。
（四）承擔全市道路、水路、港口運輸市場監(jiān)管責任；負責城市客運和出租汽車行業(yè)管理工作；負責全市客貨運站場建設(shè)管理工作；負責機動車維修和機動車駕駛員培訓管理工作；負責交通物流市場管理工作。
（五）指導全市交通運輸綜合行政執(zhí)法工作。負責除長江和沿海以外的全市其他通航水域的水上安全監(jiān)督、內(nèi)河救助打撈、船舶防污染監(jiān)督管理工作；協(xié)助做好內(nèi)河通航水域船舶檢驗工作。
（六）組織、協(xié)調(diào)全市鐵路建設(shè)項目的申報立項、勘測、設(shè)計等前期工作、征地拆遷工作；負責對鐵路及其相關(guān)工程質(zhì)量保障體系進行監(jiān)督檢查。
（七）負責提出交通運輸專項資金安排意見；負責交通運輸預算資金的申請、撥付和監(jiān)管；指導監(jiān)督交通國有資產(chǎn)管理和保值增值；負責交通運輸行業(yè)內(nèi)部審計工作。
（八）擬訂全市交通運輸行業(yè)科技與信息化政策、規(guī)劃和規(guī)范并組織實施；指導并監(jiān)督交通運輸行業(yè)質(zhì)量、技術(shù)、環(huán)保和節(jié)能減排工作。
（九）負責全市交通運輸行業(yè)安全生產(chǎn)的監(jiān)督管理；承擔并指導全市交通運輸行業(yè)應急處置工作；組織實施重點物資運輸和緊急運輸。
（十）組織引導全市通用航空產(chǎn)業(yè)發(fā)展；承辦市國防動員委員會交通戰(zhàn)備辦公室工作。
（十一）指導全市交通運輸行業(yè)隊伍建設(shè)和精神文明建設(shè)。
（十二）承辦市委、市政府交辦的其他任務。
（十三）與市農(nóng)業(yè)農(nóng)村局的有關(guān)職責分工。市交通運輸局做好漁業(yè)船舶檢驗相關(guān)銜接工作，市農(nóng)業(yè)農(nóng)村局負責漁業(yè)船舶檢驗和監(jiān)督管理工作。